Las universidades nacionales se declaran excluidas de los alcances de esa disposiciĆ³n. Hubo total oposiciĆ³n al decreto del Poder Ejecutivo Nacional 365 por el que se creĆ³ esta base que pretende incluir la informaciĆ³n salarial y de recursos humanos del personal que presta servicios en las entidades y jurisdicciones del sector pĆŗblico nacional.Ā 
El Consejo Superior de la Universidad Nacional de RĆ­o Cuarto votĆ³ por unanimidad respaldar la resoluciĆ³n del Consejo Interuniversitario Nacional (CIN) por la que se declara que no resulta de aplicaciĆ³n a las universidades nacionales el decreto del Poder Ejecutivo Nacional 365, por el que se crea la base integrada de informaciĆ³n de empleo pĆŗblico y salarios en el sector pĆŗblico nacional, como plan integral de administraciĆ³n de informaciĆ³n salarial y de recursos humanos del personal que presta servicios en las entidades y jurisdicciones del sector pĆŗblico nacional.
El Consejo que reĆŗne a los rectores considera que las universidades nacionales se encuentran exentas del Ć”mbito de aplicaciĆ³n y fuera del alcance del Poder Ejecutivo Nacional. Y defiende de manera contundente la autonomĆ­a universitaria, a la vez que seƱala en su dictamen jurĆ­dico que la tutela de las universidades nacionales corresponde exclusivamente al Congreso Nacional, esto es el Poder Legislativo.
El decreto del Poder Ejecutivo establece la obligatoriedad de informar sobre una serie de antecedentes del personal que se desempeƱa en el sector pĆŗblico nacional.
La citada norma resulta de aplicaciĆ³n a las entidades comprendidas en el inciso a y bĀ Ā del artĆ­culo 8 de la Ley de AdministraciĆ³n Financiera y de los Sistemas de Control del Sector PĆŗblico Nacional. AllĆ­ se establece que el sector pĆŗblico nacional estĆ” integrado por la AdministraciĆ³n Nacional, conformada por la administraciĆ³n central y los organismos descentralizados, comprendiendo en estos Ćŗltimos a las instituciones de seguridad social; y las empresas y sociedades del estado que abarca a las empresas del estado, las sociedades del estado, las sociedades anĆ³nimas con participaciĆ³n estatal mayoritaria, las sociedades de economĆ­a mixta y todas aquellas otras organizaciones empresariales donde el estado nacional tenga participaciĆ³n mayoritaria en el capital o en la formaciĆ³n de las decisiones societarias.
En su resoluciĆ³n, el CIN considera que las universidades registran un status jurĆ­dico especial en el esquema estatal argentino, puesto que adquirieron por ley los principios de gratuidad y equidad y los de autonomĆ­a y autarquĆ­a.
TambiĆ©n se indica que la doctrina emanada de la ProcuraciĆ³n del Tesoro de la NaciĆ³n y la jurisprudencia de la Corte Suprema en todas las causas sometidas a su examen se ha concluido que las universidades nacionales se encuentran exentas del Ć”mbito de aplicaciĆ³n y fuera del alcance del Poder Ejecutivo Nacional.
Este cuerpo colegiado que reĆŗne a los rectores de todas las universidades nacionales, considera ā€œpertinente delimitar el Ć”mbito de aplicaciĆ³n del Decreto NĀŗ 365/17 a la autonomĆ­a universitaria, que fije una postura clara por parte de las universidades nacionales ante eventuales futuros avances que impliquen menoscabar dicha autonomĆ­aā€.
En el dictamen jurĆ­dico que hizo el CIN, se indica que el artĆ­culo 48 de la Ley de EducaciĆ³n Superior ā€œdelimita claramente que se trata de personas jurĆ­dicas de derecho pĆŗblico, creadas por el Congreso y, de ahĆ­, no se subordinan al Poder Ejecutivo Nacional por no existir relaciĆ³n alguna con Ć©ste que no sea de carĆ”cter reglamentario o de girar los fondos aprobados por el presupuesto nacionalā€.
Y se remarca que ā€œson entes pĆŗblicos no estatales; no integran la AdministraciĆ³n Nacional; no constituyen una organizaciĆ³n estatal no empresarial, con autarquĆ­a financiera, personerĆ­a jurĆ­dica y patrimonio propio, donde el Estado Nacional tenga el control mayoritario del patrimonio o de la formaciĆ³n de las decisiones; no estĆ”n incluidas entre las entidades pĆŗblicas no estatales donde el Estado Nacional tenga el control de las decisiones en la medida que las universidades nacionales se dan sus propias instituciones y se rigen por ellas y manejan su presupuesto en base a los aportes del Tesoro Nacional (autarquĆ­a) con control indirecto ex post del Poder Legislativo, a travĆ©s de la AuditorĆ­a General de la NaciĆ³n y no existe principio de jerarquĆ­a alguno con el Poder Ejecutivo Nacionalā€.
ā€œā€¦ no cabe la intervenciĆ³n reglamentaria, ni propia del Poder Ejecutivo Nacional, menos cuando la misma se inmiscuye deliberadamente en el Ć”mbito de reserva de las universidades nacionales, afecta su autonomĆ­a e interviene en su autarquĆ­a. Con tales asertos serĆ­a suficiente descartar la aplicaciĆ³n del Decreto 365/2017ā€, se seƱala en el dictamen jurĆ­dico del CIN.
En ese documento se subraya que ā€œel nuevo status jurĆ­dico de las universidades nacionales las posiciona institucionalmente en un lugar que se halla exento del control del Poder centralā€.

ResoluciĆ³n del CIN

El ComitĆ© Ejecutivo del Consejo Interuniversitario Nacional resolviĆ³: ā€œDeclarar que el Decreto NĀŗ 365/17 no resulta de aplicaciĆ³n a las universidades nacionalesā€. Y ā€œComunicar a todas las universidades la presente declaraciĆ³n con el acompaƱamiento del dictamen jurĆ­dico elaborado, a los fines de unificar criterios de interpretaciĆ³n respecto de la exclusiĆ³n del alcance del Decreto NĀŗ 365/17, para constar que, conforme a la autonomĆ­a consagrada constitucional, legal y reglamentariamente para las universidades nacionales, tales clases de normas son de exclusivo Ć”mbito del PENā€.